Game Boy Advance har et annet kassettspor og bruker en annen prosessor enn den originale Game Boy. Selv om det er noen få unntak (som Game Boy Color, som er kompatibel med Game Boy Advance), Game Boy-spill er ikke kompatible med Game Boy Advance.
Du kan imidlertid spille Game Boy og Game Boy Color-spill på en Game Boy Advance SP ved å bruke en Game Boy Player tilbehør til Nintendo GameCube.